民國七十五年政府決定於雲嘉南地區設立國立中正大學並聘請李登輝等八位先生成立籌備委員會。經過多次評選設校地點後，於民國七十七年元月宣佈設立於嘉義縣民雄鄉三興村。本校籌設期間即以成立綜合性大學為目標，而應用數學研究所有幸代表理學院於民國七十八年八月與其他四所率先成為中正人。建校之際，應數所首任所長 鄭國順 教授與四位同仁分別自國內外各地聚集於民雄鄉文隆村初期校區內，一起開創學術生涯之另一個起跑點。民國八十年十月本校校區正式啟用，應數所的七位同仁與二十位碩士班研究生一起遷入寬敞的數學館內，展開教學、研究與學習生涯之新頁。 民國八十一年八月同時成立數學系與 應數所 博士班，也因此具備了由基礎教學延伸至高深研究之完整數學教育模式。

數學是科技發展之基礎，而科技發展亦帶動了數學領域之發展。中正大學數學系成立以來，即以一系多所為發展目標， 主要的目的是要讓基礎科學的數學領域之發展與跨領域科技發展之需求有很好的應用與結合。民國八十二年八月繼而成立數理統計研究所，民國八十六年八月成立數學系碩士班，八十七年八月成立數學系博士班。在理論及應用結合之導向下，數理統計研究所於民國八十九年八月改名為統計科學研究所。未來，我們擬申請成立統計科學研究所博士班以提供更完整及多元化的數學教學研究環境，並積極培養具備充分數學訓練的科學人才。

由於本系擁有一系多所之優勢，堅強的師資陣容是我們的一大特色，系上現有師資都具有博士學位，學有專精，歷年來已有多位同仁獲得國科會數學傑出研究獎及其他各項研究獎助。研究領域之寬廣是數學發展的原動力，目前數學系所之研究領域以微分方程、微分幾何、應用數學、代數與數論、統計科學、分析等各方面為主，且發展計算性幾何、財務數學、科學計算、生物統計等跨領域之研究工作。在教學上，本系有多位同仁榮獲優良教學獎，亦對於中小學數學課程綱要的宣導及相關教材的編撰有所著墨。

除傳統的數學訓練外，我們藉由學程的推動鼓勵學生擴展視野，使其能以紮實的數學基礎知識來，跨足至電機、資訊、財務金融、管理科學、自然科學等領域。